Dmitri Kozak este autorul controversatului proiect, pe care l-a propus în 2003, pentru soluționarea conflictului dintre Republica Moldova și regimul separatist din Transnistria. „Planul Kozak” mai prevedea între altele staționarea trupelor rusești pe teritoriul Republicii Moldova pentru încă 20 de ani. Propunerea a stârnit în acel an un val de proteste masive la Chișinău. Sub presiunea străzii, președintele de atunci Vladimir Voronin a refuzat să semneze documentul.